Do roku 1910 zde stála jen hájenka, kterou několik generací obhospodařovala rodina Paleczků. Když pak byly v roce 1910 železniční tratě budějovicko-želnavská a čičenicko-volarská prodlouženy a přes Nové Údolí tak spojily Čechy s Bavorskem, setkaly se tehdy právě v místě dnes nazývaném Černý Kříž. A protože ono místo neneslo žádné místní jméno, dostala nově postavená železniční stanice, vklíněná mezi Hraniční hvozd a Mrtvý luh, úřední název „U černého kříže“ – to podle vysokého kříže temné barvy. Ten stál nedaleko, na pravém břehu Studené Vltavy, v blízkosti dnes již neexistujícího mostu přes Studenou Vltavu, který spojoval dnešní Černý Kříž s osadou Dobrá. V roce 1924 byl název nádraží pozměněn na „Černý Kříž“.
Původní dřevěný kříž vydržel na svém místě někdy do začátku 60. let. V roce 1997 byl přičiněním Stifterova pošumavského železničního spolku z Volar vztyčen nový černý kříž na místě svého pověstného předchůdce. V roce 2006 byl kříž obnoven do podoby, kterou měl dle zachovaných starých fotografií. V roce 2009 byl na černý kříž usazen Kristus v životní velikosti a u příležitosti setkání rodáků, jarmarku v Českých Žlebech a oslav 300 let od první písemné zmínky o Českých Žlebech byl černý kříž v Černém Kříži vysvěcen. Tím byl černý kříž obnoven do podoby, kterou mohli vídat naši předkové. Kříž je prostý, dřevěný a pochopitelně černočerný. Stojí v půvabném zákoutí na pravém břehu Studené Vltavy, asi sedmdesát kroků od místa, kde silnička z Černého Kříže směrem k Pěkné přechází volarskou železniční trať.