Klatovy pečují o věhlasné katakomby s desítkami mumií až tři sta let starými nepřetržitě od roku 1938. Způsob mumifikace zemřelých církevních hodnostářů, šlechticů a měšťanů, je ve světě ojedinělý. Mrtvá těla ukládali jezuité na chmelovou podložku, která působila antisepticky a nechali je ovívat proudícím vzduchem. Přirozený větrací systém zničila přestavba kostela koncem třicátých let a tak většina mumií podlehla zkáze. Původně odpočívalo ve sklepení kostela vysvěceného 1679 přes dvě stě zesnulých.
Letos končí v klatovském jezuitském kostele Neposkvrněného početí Panny Marie a sv. Ignáce z Loyoly „generální“ rekonstrukce pohřební krypty přezdívané od předminulého století katakomby. Prostory pod kostelem vytesané ve skále dostaly dnes původní podobu s původním důvtipným prouděním vzduchu, který uchovával těla téměř v neporušeném stavu.
„Cílem bylo upravit prostředí katakomb do stavu, kdy jezuité museli z Klatov v době panování Josefa II. odejít,“ informoval klatovský místostarosta Václav Chroust, předseda občanského sdružení Klatovské katakomby, které se nebývalou měrou zasloužilo o jejich obnovu. Sdružení získalo dotaci na celou rekonstrukci, která přišla na 23,5 miliónu korun, skoro dvacet milionů z Evropské unie.
V květnu roku 1676 pohřbívali jezuité v kryptě poprvé. Cti se dostalo páteru Janu Jahodovi. Poslední pohřbenou byla v březnu 1718 Marie Ptáková rozená Chládková. Nejmladší zesnulou uloženou v kryptě se stala pětiměsíční Jakobína z Klenového a nejstarší pochovanou se jmenovala Ludmila Stoarová, která se dožila sta let.
Poslední spočinutí našla v podzemí kostela většina mužů, z nichž zhruba polovina náležela k řádu Tovaryšstva Ježíšova. Leželi vedle bohatých šlechticů a měšťanů, které pokládali do rakví v drahém oděvu doplněném šperky, skvostnými řetězy, náhrdelníky a zlatými prsteny. Až koncem devatenáctého století se zjistilo, že nebožtíky kdosi oloupil. V jednom případě dokonce uřízl mrtvole prsteníček s přepychovým prstenem.
Ještě na úsvitu dvacátého století ukrývala krypta kolem stovky rakví. Ve třicátých létech se dochovalo 63 rakví s vyschlými těly. V této době došlo ke zvratu. Kdosi, zřejmě z neznalosti, odstranil systém proudění suchého vzduchu do katakomb. Průduchy a kanálky v sloupech kostela zedníci ucpali. Násilné přerušení přirozeného klima a změna suchého vzduchu ve vlhký postupně rozrušilo vysušené ostatky..
V posledním dvacetiletí shlédlo každým rokem zasklené rakve s mumiemi v katakombách v Klatovech několik tisíc návštěvníků. Koncem listopadu se krypta opět otvírá pro veřejnost. Očekává se mimořádný zájem o nejvýznamnější klatovskou památku. Návštěvníci uvidí, na rozdíl o dřívějška, například maketu pohřbené šlechtičny Anežky Příchovské, projdou se po lávce spojující kryptu s kostelem, seznámí se s historií mumií a dějinami jezuitského řádu v Klatovech, kde také působil vlastenec Bohuslav Balbín (1621 – 1688) autor Výtahu z českých dějin a Historických rozmanitostí Království českého, který se posléze dostal do rozporu s jezuitskou ideologií. V osmnáctém století také vyučoval na jezuitské koleji známý obrozenec a buditel Josef Dobrovský. Poprvé bude v katakombách k vidění nově zakonzervovaných a pečlivě ošetřených osmatřicet dochovaných těl uložených v kopiích původních rakví.
V sedmnácti klášterních a kostelních kryptách v České republice leží mumie, ale přístupny veřejnosti jsou v sezóně pouze v Brně a Klatovech. Odborníci však uvažují, z důvodu prodloužení životnosti klatovských mumií, o určitém omezení počtu návštěvníků.
