V roce 1765 vyhověla pražská arcibiskupská konsistoř žádosti kvildských věřících a poskytla svolení ke stavbě kostela včetně hřbitova. Dřevěný kostel, jehož stěny byly pokryty šindelem, byl zasvěcen památce Nalezení těla sv. Štěpána.
V roce 1889 vypukl ve středu obce velký požár, zachvátil 18 domů, nově postavenou školu, shořel i dřevěný kostel. V roce 1892 byla zahájena na místě vyhořelého původního kostela výstavba kostela nového, kamenného, podle vzoru novogotického kostela v Knížecích Pláních. Nový kostel sv. Štěpána byl vysvěcen v roce 1894 a stal se součástí duchovního života věřících Kvildy i přilehlých obcí horní Šumavy. Dnes vytváří charakteristickou siluetu naší obce. Je jedním z mála kostelů, který přežil nejenom válku, ale i následující totalitní režim, jenž nebyl církevním památkám příliš nakloněn.
V neděli 4. srpna roku 2002 byl do věže kostela zavěšen a vysvěcen českobudějovickým biskupem msgre. Jiřím Paďourem další zvon k poctě Panny Marie Pomocnice křesťanů. Zvon vážící 174 kg odlila zvonařská dílna Marie Tomáškové - Dytrychové. Dnes se rozléhá tichým krajem zvuk zvonů horského kostela třikrát denně - v osm hodin ráno, v pravé poledne a o sedmé večerní.
V kostele se dnes konají mše a příležitostně i koncerty duchovní hudby. Kostel sv. Štěpána je kulturní památkou.
Již u původního kostela byl založen hřbitov. V roce 1978 byl nešetrně zlikvidován, kovové a litinové kříže byly odvezeny do sběrných surovin, kamenné náhrobky do tehdy hraničního pásma v prostoru Hraběcí Huti. Na jaře roku 2004, po dvaceti osmi letech, byly náhrobky symbolicky vráceny na kvildský hřbitov.
