Die erste schriftliche Erwähnung erfolgte im Jahre 1360. Želnava gehörte damals zu den Gemeinden, die in den Jahren 1360-1395 im Streit mit dem Kloster in Zlatá Koruna (Goldkron) und der Probstei von Vyšehrad waren. 1395 wurde Želnava dem Kloster Zlatá Koruna zurückgegeben, das die Gemeinde an den König Václav IV. (Wenzel IV.) weitergab. Ab 1501 verbindet Želnava und die Krumlovský (Krumauer) Herrschaft ein gemeinsames Schicksal. Die St. Jakob Kirche wird 1395 zum ersten Mal erwähnt. Das Gotteshaus wurde 1708-1712 unter dem Patronat von Jan Nepomuk Schwarzenberg umgebaut und am 19. 2. 1713 von Prälat Sigmund Heubner eingeweiht.