První písemná zmínka o obci pochází z roku 1360. Želnava patřila k vesnicím, jež     v letech 1360–1395 byly sporné mezi klášterem zlatokorunským a probošstvím vyšehradským. Roku 1395 byla vrácena klášteru ve Zlaté Koruně, jenž ji v uznání postoupil králi Václavu IV. Od roku 1501 sdílí Želnava osud s panstvím krumlovským. Farní kostel, zasvěcený sv. Jakubu staršímu, apošt., se poprvé připomíná v roce 1395. Nynější kostel pochází z let 1708–1712, kdy byla pod patronátem knížete Jana Nepomuka Schwarzenberga provedena podstatná přestavba. Kostel byl vysvěcen 19. 2. 1713 od krumlovského preláta Sigmunda Heubnera. Pouze věžové zdivo v dolní části věže je starší (1688).