Die ursprüngliche Glasmachersiedlung wurde erstmals 1728 schriftlich erwähnt. Die Gemeinde Kubova Huť ist nach dem fürstlichen Hauptmann Gub, respektive nach dem gleichnamigen Waldstück, benannt. 1728 schenkte Fürst Adam Franz Schwarzenberg dem Winterberger Bürger Jan Podschneider (Padescheyder), nachdem dieser schon 22 Jahre im Janoušeker Hüttenwesen gearbeitet hatte, 160 “strych” (alte böhmische Maßeinheit) des Gub-Waldes, um hier ein Hüttenwerk mit Zubehör und Wohnungen für sich selbst und die Arbeiter erbauen zu können. Er erlaubte ihm sogar Felder und Wiesen anzulegen, nachdem er das Holz zum Hüttenbau geschlagen und verwendet hatte. Zur Pottasche-Erzeugung wurde ihm das Mlynařovický- und Batava-Revier zugeteilt. Dafür wurde ihm eine Grundmiete in Höhe von 10 Goldtalern und eine Waldmiete von 35 Goldtalern auferlegt, mit deren Zahlung  Podschneider erst nach 6 Jahren beginnen musste. Am  12. September 1729 war das Hüttenwerk fertig. Es wurde hier Tafel-, Spiegel- und Klar-Glas produziert. Podschneider war aber nicht erfolgreich und 1736 musste das Hüttenwerk wegen hoher Verschuldung geschlossen werden.In Kubova Huť blieben jedoch 7 Siedler, die einen Anteile an der Hütte  hatten, ansässig: Gregor Wagner, Leonhard Zach, Andreas Sellner, Franz Bossl, Paul Ilg und Urban Polster.
Wegen den kalten Sommern und  sehr langen und harten Wintern war es in dieser Gegend sehr hart die Erde zu bearbeiten und Felder und Wiesen zu bewirtschaften.  Auch allerlei Raubtiere machten hier das Leben nicht leichter. 1808 griff in Kubova Huť ein Bär mehrere Rinder an und zerfetzte sie.
Nach 1811 verbesserte sich die Verkehrsanbindung, denn es wurde mit dem Straßenbau von Vimperk nach Passau an der Donau begonnen. In den Jahren 1857-1859 wurde der „Lukenská cesta“ angelegt, die Hauptverbindung durch den Boubíner Forst, an den sich der Weg Kubohuťská cesta, der aus Kubova Huť in Richtung Osten führte, anknüpfte. 1900 wurde auch die Eisenbahn zwischen Vimperk und Lenora in Betrieb genommen und Kubova Huť erhielt eine Bahnstation.
Im 19./20. Jahrhundert erhielt  Kubova Huť eine Telefonverbindung mit der Herrschaftsverwaltung im Winterberger Schloss und 1908 wurden ein Forsthaus der fürstlichen Verwaltung sowie ein Hegerhaus erbaut. Am  12. September 1912 fing man hier mit dem Bau einer Schule an, der schon in drei Monaten fertig war. Der Unterricht für 30 Schüler  begann  am 5. Januar 1913. Das Schulgebäude ist ganz aus Holz und wurde aus Nordamerika hergeliefert

Das Leben der Einwohner wurde von den beiden Weltkriegen beeinflusst. Im Ersten Weltkrieg fielen 3, im Zweiten 10 Bürger. Interessant sind auch die Einwohnerzahlen nach der Volkszählung von  1869. Im Jahre 1869 hatte die Gemeinde die höchste Einwohnerzahl, und zwar 153 Menschen. Jedes Jahr wurde die Zahl niedriger und niedriger, fiel aber nicht unter 100 Einwohner. Nach dem Zweiten Weltkrieg lebten im Jahre 1950 hier nur 55 Menschen. Dieser Trend bestand bis 1991. Seit 2001 hat die Einwohnerzahl wieder eine wachsende Tendenz und   wieder die 100-Grenze.