Im Böhmerwald gibt es seit langem fünf Gletscherseen, weitere drei befinden sich im Bayerischen Wald. Prášilské jezero (Stubenbacher See) liegt unter dem Berg Poledník (Mittagsberg) etwa 4,5 km von der Gemeinde Prášily (Stubenbach) entfernt. Der See Laka (Lackasee), der kleinste und höchstgelegene See im Böhmerwald (1096 m), liegt am Nordosthang des Berges Debrník (Deffernik). Unweit von Železná Ruda (Markt Eisenstein) sind Èerné jezero (Schwarzer See) und Èertovo jezero (Teufelsee) zu finden. Der Schwarze See mit seiner Fläche von 18,43 ha und Tiefe von bis zu 40,5 m ist der sowohl größte als auch tiefste See von allen acht Gletscherseen im Böhmerwald und Bayerischer Wald und zugleich der größte See in der Tschechischen Republik. Der Name ist von der schwarzen Farbe des Wassers abgeleitet, die durch das Widerspiegeln der benachbarten Wälder entsteht. Der Teufelsee stellt den zweitgrößten See des Böhmerwaldes dar. Zwischen dem Schwarzen See und dem Teufelsee verläuft die europäische Hauptwasserscheide. Wenige Kilometer von dem Lipno-Stausee liegt am Berghang von Plechý (Plöckenstein) Plešné jezero (Plöckensteinsee). Über den See erhebt sich der Stifter-Obelisk – ein Denkmal für den Dichter und Schriftsteller Adalbert Stifter.