Největším přírodním skvostem nejen na Železnorudsku, ale i na Šumavě a v Bavorském lese jsou jezera ledovcového původu, jediná v České republice. Atmosféra u jezer se mění v každou denní i roční dobu, jsou to krásná místa k relaxaci i k chvilkovému zamyšlení. Návštěvníci Železnorudska by neměli návštěvu této unikátní scenérie v žádném případě vynechat. Jak doopravdy šumavská jezera vznikla? Koncem třetihor se při ochlazování klimatu vytvořily na úbočích svahů ze sněhových lavin ledovce. Později došlo k postupnému tání ledovců. Ledovce před sebou tlačily množství kamenů a štěrku, z nichž se pod svahy vytvořily mohutné hráze – morénové valy, které tající vodu zadržely.
Obě jezera se nacházejí poměrně blízko sebe, a přesto je rozděluje hlavní evropské rozvodí procházející přes sedlo Rozvodí, kde bývaly ve středověku doly na železnou rudu, vrchol Špičáku, Špičácké sedlo a po části hřebenu a úbočím Pancíře. Čertovo jezero patří do povodí Černého moře a Černé jezero do povodí Severního moře. Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero o rozloze 152 ha byla vyhlášena knížetem Hohenzollernem v roce 1911 na podnět zakladatele moderní ochrany přírody Huga Connwentze, zejména na ochranu jezer a ledovcových karů se vzácnou faunou a flórou.

Černé jezero

Je s rozlohou 18,43 ha největším i nejhlubším ledovcovým jezerem (max. 40 m) na Šumavě a v Bavorském lese. Jezero je paradoxně nejníže položeným jezerem ze šumavských jezer (1008 m n. m.). Své jméno dostalo od zdánlivě černé barvy vody jezera vznikající odrazem okolních hustých lesů. U jezera stával dříve pavilon pro turisty, poté restaurace a donedávna ještě rota pohraniční stráže. Dnes je zde jen domek sloužící k regulaci odtoku do elektrárny. V jezeře se vyskytují porosty šídlatky jezerní a zevaru splývavého. Na stěně exponované k severu rostou arktoalpinské rostliny. Žijí zde vzácné druhy bezobratlých. Nad jezerem je 300 m vysoká stěna Jezerní hory, jejíž vrchol, 1343 m, je nejvyšším vrcholem na Železnorudsku.
Technickou zajímavostí Černého jezera je přečerpávací vodní elektrárna 1,5 MW, (dnes technická památka – první přečerpávací elektrárna v ČR, vybudovaná Škodovými závody Plzeň pro ZČE), která byla spuštěna do provozu již v roce 1930. Svoji vyrovnávací nádrž má hluboko v údolí Úhlavy a je s jezerem spojena 2 km dlouhým potrubím se spádem 280 m. Atmosféra Černého jezera inspirovala ke tvorbě řadu významných spisovatelů a básníků – Antonína Dvořáka, Jana Nerudu, A. V. Šmilovského, J. Vrchlického, A. Heyduka, … 

Čertovo jezero

Je rozlohou 10,33 ha druhým největším šumavským jezerem. Leží v nadmořské výšce 1030 m a jeho maximální hloubka je 37 m. Jezero je napájeno spodními prameny i vnějšími přítoky. Jezerní stěna není tak výrazná jako u jezera Černého. Dříve vedla v jezerní stěně vyhlídková lávková cesta hojně navštěvovaná turisty. Cestu nechal v letech 1880–1882 vybudovat kníže Hohenzollern za cenu 3 500 zlatých. Stavbu inicioval a řídil lesmistr Julius Komárek, vlastenec a propagátor zpřístupnění železnorudských lesů. Byl otcem profesora Julia Miloše Komárka, narozeného roku 1892 v Železné Rudě, významné vědecké osobnosti v oboru zoologie, entomologie, ochrany lesa a myslivosti, který založil a řídil Výzkumný ústav hospodářství lesa a myslivosti a byl děkanem Přírodovědecké fakulty univerzity Karlovy. Byl jedním z iniciátorů zřízení národních parků v Tatrách a na Šumavě. Zdejší území je chráněno již od roku 1933 (výnosem ministerstva školství a národní osvěty č. 143547/33), avšak za první republiky se ochrana přírody nerozcházela s „měkkou“ pěší turistikou. Lávky na cestě, kterou využívaly i hlídky pohraniční stráže, nesmyslně zlikvidovali v roce 1990 pracovníci ochrany přírody.
Veškeré pokusy o obnovení cesty ze strany města Železná Ruda se dnes setkávají díky negativním posudkům vlivu na životní prostředí (tetřev hlušec) s nezdarem.
Při cestě z Železné Rudy na Čertovo jezero je u cesty pomníček Adolfa Kašpara, uctívající památku známého malíře, mimo jiné prvního ilustrátora Babičky.