Byl založen císařem Ferdinandem III. pro posílení katolické víry v kraji. Základní kámen byl položen r. 1651 a r. 1655 byl kostel vysvěcen kardinálem Harrachem. Stavba kláštera byla dokončena teprve v letech 1665–86. Kostel se stal poutním místem celého Pošumaví, protože brzy po vybudování daroval kostelu Jindřich Hýzrle z Chodů obraz Bolestné Panny Marie považovaný za zázračný.
V 17. a 18. století působilo v klášteře průměrně 15–20 řeholníků. Pýchou kláštera bývala bohatá knihovna, která je dnes uložena v sušickém muzeu. Tvoří ji i přes určité ztráty na několik tisíc svazků. V r. 1950 byli řeholníci vyhnáni a klášter dlouhá léta sloužil vojsku. Zpět se kapucíni mohli vrátit až r. 1993. Sluneční hodiny na jižní straně kostela (v zahradě) jsou z r. 1731.